除了成立政务院之外，还要成立梁山的军务院，军务院没有特定的管理人员，设立梁山军事委员会，委员长由晁盖亲自担任，常设成员为十人，候补成员若干不等。
  军务院下辖参谋司、政治司、后勤司、装备司、情报司、军法司，编练司，警备司八个部门。参谋司负责梁山武装建设和作战指挥，制定作战计划等；政治司负责梁山的政治思想工作；后勤司负责梁山军队的后勤保障工作，包括伙房，衣物，粮草，军饷等；装备司负责梁山军队装备兵器的研究和装备，包括梁山火炮研究院；情报司负责梁山军事情报的搜集和分析，为参谋司制定计划做准备；军法司负责梁山军队的法制工作，赏功罚过；编练司负责梁山军队的招募工作和守备军的训练工作；警备司负责梁山聚义大厅和梁山重要头领的警卫安全工作。
  听得晁盖说完了梁山两大核心领导机构之后，书房内的众人都是佩服不已，晁盖提出的制度，对于梁山来说有百利而无一害，可以说非常的完美，晁盖没对众人的夸奖和佩服也是一阵的脸红，毕竟是从后世过来的，后世那些先进的制度理念他是很明白的，搬过来用到梁山再合适不过。
  坐在旁边的黄文炳是在座的文官之中做官经验最为丰富的一个，听得晁盖说完就是一直皱着眉头，等到晁盖全都说完了，黄文炳这才疑惑的说道：“哥哥方才说的政务院和军务院都是非常的完善，只是梁山为何只有这两个机构，政法和监察方面的机构为何没有？”
  听得黄文炳的疑问，众人想了想这才恍然大悟，确实没有，晁盖也是哈哈一笑，说道：“的确，我在完善制度的时候也有两个核心的部门，就是政法院和监察院，负责梁山的政法和监察工作，可是如今我梁山人才不够，在这说也没有专门从事政法方面的头领，所以也就没有提出来，等到时机成熟了，在一点一点的建立完善，这两个部门的职权暂时由政务院来负责。”
  “哥哥目光深远，小生自愧不如啊。”听得晁盖的解释，黄文炳叹了口气，说道，现在的他对晁盖那可以说是心服口服。
  既然晁盖的计划已经说出来了，那么便开始商讨梁山各个部门得领导问题，经过了几个人整整一天的商讨，反复的讨论，这才将人员的调配都商议了出来。
  第二天，梁山聚义大厅之前擂鼓聚将，三通鼓响，所有的人都来到了聚义大厅，便是在独龙岗的头领也是在头一天得到了消息，星夜赶回了梁山，可以说这也是梁山聚会头领最全的一次。
  看着都来齐了，当下晁盖便开始说道：“经过了几次的大战，我梁山的威名打了出去，如今梁山好汉在江湖绿林之中也是威名赫赫，这都是众位兄弟努力的结果。”
  “但是经过了这几次的大战，我梁山的一些问题也是显露了出来，梁山日后是需要走出去的，是需要发展壮大的，是需要争霸天下的，如今的管理制度却依旧还是江湖绿林山头的管理制度，已经不能满足梁山的发展，所以说改革势在必行，昨日经过了两位军师，林教头，云总管等几个兄弟的商议，终于商讨出了一个完美的管理制度以及人员的安排，众位兄弟可有什么异议？”
  晁盖的话音刚落，聚义大厅中便是一阵的小声说话的声音，众人纷纷讨论着心的制度，这个时候，作为梁山后备军的枪棒总教头豹子头林冲站了出来，说道：“哥哥，梁山改革迫在眉睫，对我梁山有百利而无一害，林冲支持哥哥。”
  林冲刚说完，梁山马军的头领双枪将董平和南离太保石宝也是站了出来，他们二人可以说是两千马军最早的头领，当下二人也是抱拳拱手，说道：“哥哥，我等也没有异议，无有规矩不成方圆，我等支持哥哥改革。”
  “哈哈哈，洒家也是支持，洒家粗人一个不懂得什么制度改革，但是哥哥自打创立梁山以来便是事事想在人前，这一次的改革肯定也是如此，洒家一万个支持。”鲁智深哈哈一笑，直接站了出来，朝着晁盖一抱拳，说道。
  看得都说完了，水军头领自然也是不甘落后，当下混江龙李俊和赤须龙费保二人对视了一眼，站了出来，说道：“我水军各营完全遵守哥哥之命，支持改革。”
  晁盖满意的点了点头，当下哈哈一笑，说道：“那好，既然众位兄弟都没有异议，那改革便从今日开始，由吴用，吕将，黄文炳，林冲，公孙胜，云天彪六个人成立梁山改革委员会，负责梁山全体的改革工作，下面由吴军师来宣布梁山改革后管理制度的安排。”
  吴用听得晁盖点了他的名，当下站了出来，从怀中取出早就准备好了的纸张，宣读了起来，道：“梁山管理机关的改革，目前暂时成立两大管理机构，分别是政务院和军务院，负责梁山的政务民生和军事管理工作。”
  “政务院设立左仆射个右仆射，下辖秘书司，财政司，人事司，后勤司，教育司，医疗司，商业司，农业司和外交司九个部门；军务院成立梁山军事委员会，下辖参谋司，政治司，装备司，后勤司，装备司，军法司，警备司和编练司八个部门。”
  “秘书司负责起草书信公文，辅助左右仆射的日常工作；财政司掌管梁山的库房钱粮出入，税收等；商业司负责梁山对外的贸易；外交司负责梁山对外交涉事物和日常活动的礼仪程序安排，以及迎宾纳客等；教育司负责梁山管辖范围内的教育工作，包括梁山的文学院，梁山的医疗学院和梁山的讲武堂；农业司负责梁山管辖范围内的农业工作，包括农林牧副渔；人事司负责梁山管理人员的提升和考察工作以及对外招收百姓等；医疗司负责梁山管辖范围内的医疗工作；后勤司负责梁山的伙房，车辆马匹，粮草，盐铁等管理。”
  吴用说到这里，顿了顿，看得众人都在认真的听着，没有异议，然后接着说道：“参谋司负责梁山武装建设和作战指挥，制定作战计划等；政治司负责梁山的政治思想工作；后勤司负责梁山军队的后勤保障工作，包括伙房，衣物，粮草，军饷等；装备司负责梁山军队装备兵器的研究和装备，包括梁山火炮研究院；情报司负责梁山军事情报的搜集和分析，为参谋司制定计划做准备；军法司负责梁山军队的法制工作，赏功罚过；编练司负责梁山军队的招募工作和守备军的训练工作；警备司负责梁山聚义大厅和梁山重要头领的警卫安全工作。”
  “下面便是各个部门的领导问题，梁山政务院分设左右仆射，负责政务院的日常管理工作，政务院左仆射由吕将担任，右仆射由黄文炳担任。左仆射负责财政司，商业司，后勤司和医疗司。财政司司长神算子蒋敬，商业司司长飞天虎扈成，后勤司司长笑面虎朱富，医疗司司长阎王敌范百龄；右仆射负责外交司，农业司，人事司和教育司，外交司司长入云龙公孙胜，教育司司长太学狂生吕将，农业司司长黄蜂刺黄文炳，人事司司长入云龙公。”